mokjpn さんはインスタンス m.okadajp.org のユーザーです。アカウントさえ持っていればフォローしたり会話したりできます。もしお持ちでないなら こちら からサインアップできます。
D58eb253b6135b56

mokjpn @mokjpn

Rstudio や Shinyを Apacheのリバースプロキシで動かすのは、
support.rstudio.com/hc/en-us/a
の通りにすればうまくいくのだけど、なぜかShinyのUIを持っているRstudio Addinを実行するとグレーアウトしてしまって実行できない症状が出てちょっと悩んでいたら、なんのことはなくApacheの mod_proxy_wstunnel をenableするのを忘れていただけだった。

AirSelfieとAirBlockとNature RemoとMicrobot Pushが同時に届いてちょっとずつ動作確認

広島にやってきた

しかしまぁ,ここまでくると手法として使ってる論文も10もないみたいだし,1症例増減しただけで大幅に結果が変わるだろうから,自分が査読者ならそもそもこのサンプルでは効果の定量はできないよ,っていう結論にしたくなるな.

Rで "stratified exact logistic regression" ってできないのかな.SASではカジュアルに使っているように見える.

support.sas.com/documentation/

Exact Logistic RegressionはelrmとかlogistiXとかあるし,Firth Logistic はlogistf があるけど,さらにそれがケースコントロール研究のマッチされたデータである場合にはどうすればいいのか, stackoverflow.com/questions/33 とかで質問も出ているけど未解決なんだよなぁ.そもそもSASはどうやっているのだろう.Separationがひどい時だから,出せるからといって信用していいものでもないと思うけど.

mokjpn ブーストされました

MZ-80Kで速いオセロゲームを作るために自作言語コンパイラを作ったことがある。今のPythonみたいにインデントでブロック構造を表すなど画期的だったと思うのだが,ソースコードの入ったカセットテープがどこかに行ってしまったorz

Rの普及活動をしたのは、やっぱり無料であることよりも、GNUの一部であってフリーソフトウェアだからだったのが大きかったんだろうと思う。でも多くの人はやはり無料であれば、ライセンスがどうであろうと気にしないようで、医療関係では研究者であってもとにかく無料であれば持ち上げるみたいな雰囲気があって、なんか嫌だなあ。将来のことを洞察することはないのだろうか。

まぁでも今の勤務先の上司も、前の勤務先の上司も、数少ないここのポリシーが似ている人なので、幸運ではあった。

くだんのRedCapの論文、実質開発していたのはFirst authorではないけどよく知っている人だったので直接Facebook上で議論することにした。

RedCapは普通の商用プロダクトとしてみれば普通のライセンスなんだけど、非商用利用には無償でライセンスが提供されるから、研究機関で利用しているところが増えているように思う。でもたまたまPHPで書かれていて中身までいじくれるからといって、EDC自体の研究材料にするのは適してないんじゃないか。ライセンスもってない人は再現も検証もできないからね。

まぁ何れにしてもRedCapはライセンスが独占的で、自分が修正した分も自分のものにできないライセンスなので、今後も使うつもりはないけどね。

でも、Appendixにソースコードが付いているようなので(まだ公開されてないけど) それは評価できる。
GitHubに上げてくれるともっといいなぁ。

あと、RedCapのAPIをRから使う、
RedCapR cran.r-project.org/web/package
とか、
redcapAPI cran.r-project.org/web/package
とかがあるんだけど、これらを使わないでカンマ区切りデータからインポートしたのはちょっとアレ。

しかし、

1) 本来であればEDCから出るCSVではなく、EDCがCDASH-ODMを出力して、そこから汎用のマッピングツールを経由してSDTMにするというフローであるべき

2) Define-XMLも出力してくれるのは現実的に便利ではあろうけれども、Fig.6を見ると型だけで、Length等も含まれていないのでメタデータとしては情報が少ない

3) RedCap上でSDTMへのマッピングルールを規定してそれをRでパースしているが、入力システムとパーサが独立なので現実的にはかなりエラーが発生し、発見も大変だろう

といった問題点があると思われる。

A pragmatic method for transforming clinical research data from the research electronic data capture “REDCap” to Clinical Data Interchange Standards Consortium (CDISC) Study Data Tabulation Model (SDTM): development and evaluation of REDCap2SDTM

RedCapから出力されたカンマ区切りデータを、RedCap上で別途作成されたマッピング情報を参照しつつSDTMライクなデータセットにするというツールかな。RedCap使ってて、とりあえずSDTMで出さなきゃいけない、というよくみる現場では確かに役立つだろうと思う。

sciencedirect.com/science/arti

同一の統計量になるデータセットを自在に作る。講義で使うと楽しそうだな...

autodeskresearch.com/publicati

自宅のミニ水槽 ニッソーアクリルタンクミニ の水中モーター が動かなくなったので替えを買おうと思ったらどこにも売ってない、、、軽く分解して手入れしたら動き出したのでよかったけど、本当に壊れたらスペースが小さすぎて入る水中モーターが他にないので詰むかも。

StackOverFlowに追加回答したら速攻で文法ミスを直されるなど。