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mokjpn @mokjpn

テムズ川クルーズへ出発

本日最後の発表はProtocol/Statistical Analytics Plan/Result/Individual Personal Data の公開のRequirementをざっくりと紹介したような内容で、ためになるけどこの分野は日本の状況が遅れすぎていて(規制側も、研究者側の空気もね)ちろっと暗い気持ちになるなど。#CDISCEurope

医薬品業界のみなさんはもっと、自由なソフトウェアを使うことに価値を見出してほしいなー

By definition, hidden and unexpected data relationships cannot pre-defined in a risk assessed analysis plan! というのは同意する。でも異常検知ならシステム屋さんに丸投げしてJMPとかで作ってもらうより自分でRで組んだほうがずっと安心だと思うが。#CDISCEurope

mokjpn ブーストされました

つくばのEXPO'85では開会式で風船飛ばしてきたよ。(近くにある小学校いうことで選ばれたらしい)

というかこういうのって以前から Statistical Monitoring っていって提唱してる論文あったよね。データの分散を見るだけでクオリティ的に危険な施設を割り出すみたいな。#CDISCEurope

そこでどうするかというと、単に事前にRiskを決めておくんじゃなくて、Big Data Driven On-study Analytics によってモニタリングの程度を動的に変えていく Smart Monitoring であると。#CDISCEurope

Risk-based と言いながら、SDVをやらなさすぎたり、Tracablility が不十分な点がありすぎると当然GCPから乖離がありすぎてReject されると。コストだけ見るのよくない。 #CDISCEurope

お、次はタイトルからして煽ってて楽しそう。Big data analysis or the fallacy behind risk based monitoring だそうだ。#CDISCEurope

しかしみんなRedCap好きだよな。自由じゃないライセンスの極みなのだけど、無料で使いやすいから流行る。でも大学がこぞって導入するのはいかがなものかと思うぞ。派生物も自分のものにできないライセンスだぞ。

Project ATR: Annotation Tool for RedCap
project-atr.org

MIT ライセンスだけども、肝心のRedCap本体が無料だけど契約しなきゃ使えないソフトじゃん。
#CDISCEurope

mPower: mobile Perkinson Disease Study parkinsonmpower.org ってアプリがあるんだな #CDISCEurope

あ、また Findable Accessible Interoperable Reusable のFAIRだ。はやってるな。#CDISCEurope

実質無料だけど決して自由ではない、という点で扱いにくいソフトだ...

次はUniversity of Luxembourgの800人のパーキンソン病コホートの事例かな。EDCはRedCapで、モバイルアプリもあるのね。RedCapは自由じゃないソフトなので基本的には避けているのだけど、やっぱり使いやすいのかな。#CDISCEurope

tranSMARTとかsmartRってgithubにあって、smartRはgroovy(!)で書かれてるみたいでけっこう楽しそうだけど、分野的に敷居が高くて近寄ってないんだよなぁ。

ああそうか、Translational Researchの文脈なのね。BioSPEAK-dbのドメインモデルを使って、molecular assay のデータと臨床データを結びつける、みたいな?Wet系が入る話は意図して避けてきたのでよくわからないけど。tranSMARTもそっち系でよく見るしね。#CDISCEurope

次はさっきの発表と連動していると思われる、eTRIKS というののの紹介。Data Curation とData Analysis(tranSmartを想定だそうだ。ここはちょっとアレじゃないか?) の間に入って、Data Harmonization & Integration をやるものだって。いまいちイメージできない。 #CDISCEurope